Ο πράκτορας Travis Hall συλλαμβάνει έναν μυστηριώδη φυλακισμένο και τον βάζει στη φυλακή. Πριν από καιρό, η Επίλεκτη Ομάδα ήταν υπό πολιορκία μετά από κύμα ομάδων επιθέσεων που προσπαθούσαν να ανακτήσουν τον φυλακισμένο γνωστό ως "Ο Σκορπιός" για το τατουάζ στην πλάτη του. Όταν ο Τράβις ανακαλύπτει ότι ο φυλακισμένος του είναι μαύρος συνεργάτης με τα εμπορεύματα τόσο στις υπηρεσίες πληροφοριών...

Η επίλεκτη ομάδα κομάντος των G.I. Joe (Global Integrated Joint Operating Entity), με αρχηγό τον Duke είναι γνωστή στα πέρατα της οικουμένης για τον αγώνα της ενάντια στη διαβολική τρομοκρατική οργάνωση Cobra που καθοδηγείται από ένα σκοτσέζο ντίλερ όπλων και απειλεί να καταστρέψει τον κόσμο....