Η Εμανουέλ αποσύρεται σε έναν ναό στο Θιβέτ, όπου θέλει να βρει τον πραγματικό της εαυτό. Λαμβάνει μια μυστικιστική δύναμη που της δίνει τη νιότη και της επιτρέπει να διεισδύσει στις ψυχές άλλων γυναικών. Τώρα αναζητά τον μεγάλο της έρωτα τον Μάριο. Όταν συναντιούνται, δεν μπορεί να πιστέψει ότι είναι η Εμανουέλ: του λέει όλες τις ζουμερές λεπτομέρειες του παρελθόντος της....

Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι "τρομοκράτες" δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας και μέχρι τώρα σε κάθε τέτοιο περιστατικό υπάρχουν...