Είναι πλέον το έτος 2314 μ.Χ.. 2 χρόνια μετά την κατάργηση των Α-Νόμων και την ήττα των Innovator. Οι δυνάμεις του Setsuna ως Innovator έχουν ξυπνήσει, αλλά η έκθεση στον κόσμο για τα GN Σωματίδια έχει οδηγήσει πολλούς ανθρώπους μέσα στον κόσμο να εξελιχθούν σε Innovators....
