Ξεκινώντας το 1991, το NCIS: Origins ακολουθεί τον νεαρό Gibbs καθώς ξεκινά την καριέρα του ως νέος Ειδικός Πράκτορας στο γραφείο του NIS στο Camp Pendleton. Εκεί, θα βρει τη θέση του σε μια σκληρή, αυτοσχέδια ομάδα υπό την ηγεσία του θρυλικού Mike Franks....

Η ζωή της Άλισον βυθίζεται στην απελπισία, όταν ξαφνικά ο νέος της σύζυγος εξαφανίζεται μετά το πρωινό του surf. Γρήγορα βρίσκει παρηγοριά στον γείτονά της. Στην πορεία, όμως, θα ανακαλύψει πως εκείνος κρύβει μεγάλα μυστικά, που ίσως συνδέονται με την εξαφάνιση του συζύγου της....