Μια ομάδα ninja πηγαίνει να ερευνήσει μια υπόθεση που αφορά μια θανάσιμη αρρώστια σε ένα χωριό. Μόνο που τα πράγματα δεν εξελίσσονται όπως τα περίμεναν και στο χωριό τούς περίμενε μια θανάσιμη παγίδα. Γλιτώνει μόνο μια κοπέλα της ομάδας με τη βοήθεια ενός περιπλανώμενου, του Jubei, ο οποίος ανακαλύπτει ότι πίσω απ’ όλα κρύβεται ένας παλιός εχθρός του....

Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι "τρομοκράτες" δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας και μέχρι τώρα σε κάθε τέτοιο περιστατικό υπάρχουν...