Η Μικρή Γιατρός είναι η ιστορία ενός 6χρονου κοριτσιού, που μπορεί να συνομιλεί με τα λούτρινα αρκουδάκια της και τα παιχνίδια που έχει στη προσωπική κλινική της. Όταν η Γιατρός χρησιμοποιεί το στηθοσκόπιό της, τότε συμβαίνει αμέσως κάτι μαγικό: τα παιχνίδια, οι κούκλες και τα λούτρινα αρκουδάκια αποκτούν ζωή και αρχίζουν να επικοινωνούν μαζί της. Όχι μόνο τα δικά της παιχνίδια, αλλά και αυτά των...
Μια μασκοφόρος κακοποιός, που αυτοαποκαλείται Μπατγούμαν, κάνει την εμφάνισή της στη Γκόθαμ Σίτι, προσπαθώντας να ματαιώσει τα διαβολικά σχέδια του Πιγκουίνου. Ο Μπάτμαν αποφασίζει να μάθει την πραγματική ταυτότητά της. Όταν η Μπατγούμαν πέφτει στην παγίδα του αδίστακτου Μπέιν, ο Μπάτμαν αναλαμβάνει να την σώσει, να νικήσει τον Μπέιν και τελικά να αντιμετωπίσει ο ίδιος τον Πιγκουίνο......