Η Ιαπωνία φτιάχνει μια συσκευή που δημιουργεί τεχνητές μαύρες τρύπες για να σταματήσει τον Godzilla για πάντα, αλλά μια δοκιμή της συσκευής δημιουργεί νέους εχθρούς για τον Godzilla, λιβελλούλες στο μέγεθος αυτοκίνητου που ονομάζονται meganula και τη βασίλισσά τους, Megaguirus....

Η Ιαπωνία επιτέλους βρίσκεται ενωμένη κάτω απο την κυβέρνηση του Nobunaga, ωστόσο ο Mitsushide Akechi συνομωτεί εναντίον του και τον σκοτώνει. Το αποτέλεσμα η διακυβέρνηση της χώρας περνάει στα χέρια του Hideysohi Τoyotomi. 15 χρόνια μετά ο Toyotomi θέλει να ξεκινήσει νέους πολέμους για την Ιαπωνία και να επιτεθεί σε χώρες πέρα απο τη θάλασσα. Ενώ γίνονται όλα αυτά ο Goemon περνάει την ώρα του...