To Star Wars: The Clone Wars επιστρέφει με καινούργιο, εντυπωσιακό look στην πρώτη animated ταινία της Lucasfilm Animation, «Ο πόλεμος των άστρων: Ο πόλεμος των κλώνων». Ο γαλαξίας πλήττεται από τον Πόλεμο των Κλώνων, έναν Εμφύλιο Πόλεμο μεταξύ του στρατού των ανδροειδών, των μοχθηρών Αυτονομιστών, κατά της Γαλαξιακής Δημοκρατίας και των Τζεντάι υπερασπιστών της. Για να αποκτήσουν πλεονέκτημα...

Στον απόηχο της "Επιστροφής των Τζεντάι" οι επαναστάτες γιορτάζουν τη νίκη τους ενάντια στην Γαλαξιακή Αυτοκρατορία και βάζουν τον C-3PO και τον R2-D2 να διηγηθούν τις περιπέτειες που έζησαν. Ενόσω αυτά συμβαίνουν, ένα μυστηριώδες πρόσωπο απάγει τον R2-D2 και ο C-3PO τον καταδιώκει...