Τα αγαπημένα σε ολους μας χελωνονιντζάκια επιστρέφουν και εκτός από τον προσωπικό τους εχθρό Shredder και τη Foot Clan έχουν να αντιμετωπίσουν μια άγνωστη απειλή που απλώνεται πάνω από τη Νέα Υόρκη. Ο Leonardo, Raphael, Donatello και Michelangelo μαζί με τη φίλη τους April συμμαχούν με τον εκδικητή Casey Jones για να σώσουν τον κόσμο....