Ο Sonic, ο Knuckles και ο Tails ξανασυναντιούνται με έναν νέο ισχυρό αντίπαλο, τον Shadow, έναν μυστηριώδη κακοποιό με δυνάμεις που δεν έχουν αντιμετωπίσει ποτέ στο παρελθόν. Με τις ικανότητές τους να ξεπερνούν τις δικές τους, η ομάδα Sonic πρέπει να αναζητήσει μια απίθανη συμμαχία....

Αφού εγκαταστάθηκε στο Γκριν Χιλς, ο Σόνικ θέλει να αποδείξει πως είναι αληθινός ήρωας. Η ώρα να δοκιμαστεί φτάνει με την επιστροφή του Δρ. Ρομπότνικ, ο οποίος αναζητάει μαζί με τον νέο συνεργάτη του, τον Νακλς, ένα σμαράγδι με τη δύναμη να αφανίζει πολιτισμούς. Ο Σόνικ τότε ξεκινάει μαζί με τον Τέιλς ένα ταξίδι ανά την υφήλιο, προκειμένου να βρουν το σμαράγδι προτού πέσει στα λάθος χέρια....

Ο Σόνικ απολαμβάνει το νέο του σπίτι στη Γη, μέχρι να σημάνουν οι φασαρίες. Τώρα, αυτός ο νέος καλύτερος φίλος του, Τομ, συνεργάζονται από κοινού για να υπερασπιστούν τον πλανήτη από τον διαβολικό Δρ. Ρομπότνικ και τα σχέδια του για παγκόσμια κυριαρχία....