Η Ιαπωνία φτιάχνει μια συσκευή που δημιουργεί τεχνητές μαύρες τρύπες για να σταματήσει τον Godzilla για πάντα, αλλά μια δοκιμή της συσκευής δημιουργεί νέους εχθρούς για τον Godzilla, λιβελλούλες στο μέγεθος αυτοκίνητου που ονομάζονται meganula και τη βασίλισσά τους, Megaguirus....

Η ταινία παίρνει μέρος σε ένα μέλλον όπου μεταλλαγμένοι στρατιώτες είναι στις τάξεις του Οργανισμού Άμυνας της Γης. Μια εισβολή των εξωγήινων Xiliens εξαπολύει μια λεγεώνα γιγαντιαίων τεράτων σε όλο τον κόσμο, αφήνοντας πίσω μόνο λίγους επιζήσαντες ανθρώπους. Οι επιζώντες ταξιδεύουν στον Νότιο Πόλο για να ελευθερώσουν τον Γκοτζίλα από την παγωμένη φυλακή του...