O Naruto τίθεται σε μια νέα αποστολή. Αυτήν τη φορά σκοπός του είναι να πιάσει έναν νίντζα ονόματι Mukade και ετοιμάζεται να πάει στα ιστορικά ερείπια “Ouran” για την αποστολή. Στόχος του Μukade είναι να ενεργοποιήσει ένα αδρανοποιημένο αρχαίο περίγλυφο που βρίσκεται στα ερείπια. Μόλις τo καταφέρνει, μια δέσμη φωτός στέλνει τον Naruto 20 χρόνια πίσω στον χρόνο και τον φέρνει σε επαφή με τον...

Kάποιος με τη μορφή του Naruto εμφανίζεται απ’ το πουθενά και σκοτώνει αθώους. Η Konoha κατηγορεί τον Naruto στέλνοντάς τον στην απόμακρη φυλακή του Κάστρου Houzuki. Προσπαθώντας απεγνωσμένα να το σκάσει ανακαλύπτει πως αυτή η φυλακή κρύβει ένα τρομερό μυστικό ικανό να καταστρέψει τον κόσμο....

Όλοι οι νίντζα Kekkei Genkai εξαφανίζονται. Μετά από διαταγή της Tsunade o Kakashi σκοπεύει να θυσιαστεί για να σταματήσει την καταστροφή. Ο Naruto προσπαθεί να τον αποτρέψει αλλά κανείς δεν μπορεί να το αλλάξει....